ゲノム分子生物学1で学んだ、ゲノムの構造やそれを解析するための実験手法を基軸にすえながら、ゲノム分子生物学2では、DNA複製、転写、RNAプロセシング等、様々な遺伝子制御機構の詳細やプロテオーム解析研究を解説する。また、ゲノムの変異、組み換えなどの事象を検討し、最終的には系統・進化学的な議論を行なう。この授業も分子生物学やゲノム研究の現場にいる3人の講師が最新の情報などを織り交ぜながら講義する。