シラバス

科目名研究会B (1)

授業概要

学部・研究科
総合政策・環境情報学部
登録番号
32395
科目ソート
A1102
科目名
研究会B
分野
研究プロジェクト科目
単位
2単位
開講年度・学期
2021 秋学期
K-Number
研究会テーマ

微⽣物ゲノム学(先端⽣命科学)/環境バイオインフォマティクス(先端⽣命科学)

開講年度・学期
2021 秋学期
曜日・時限
火 5限
授業教員名
鈴木 治夫
実施形態
オンライン(ライブ)
授業で使う言語
日本語
開講場所
その他
授業形態
※「授業形態」と「能動的学修形式」の対応についてはこちらをご覧ください。
グループワーク, 遠隔あり
GIGAサティフィケート対象
非対象
研究会・来期の研究プロジェクトのテーマ予定

詳細

講義概要

「先端生命科学系列」の8つの研究会(冨田・内藤・黒田・金井・曽我・荒川・鈴木・辻本)は、合同で運営しています。また大学院のプロジェクト科目(先端生命科学)とも合同に運営しているため、学部生、大学院生そして教員が一緒になって研究を進めます。先端生命科学系列研究会の新規履修者は全員まず「研究会B(1) 冨田 勝」を履修してください。詳しい内容は研究会ホームページをご覧ください。https://bio.sfc.keio.ac.jp/


微生物は、様々な環境(ヒトの体、自然環境、人工環境など)で重要な役割を果たしている一方、様々な感染症の原因として人類の健康を脅かしている存在です。本研究会では、バイオインフォマティクスとゲノム解析により、環境微生物の多様性を理解し、その医学・農学・工学分野への有効活用を目指しています。


私たちは、再現可能なバイオインフォマティクス、ゲノム微生物学、および都市のマイクロバイオーム(微生物群集とその遺伝子の総体)に関する研究を進めています。このまま何の対策もとらなければ、2050年には薬剤耐性菌による感染症は全世界で年間1000万人の死亡者を出すとも予測されています。プラスミドは、薬剤耐性遺伝子を持ち、微生物間で水平移動することで、微生物群集における薬剤耐性の拡散に寄与しています。都市の人工環境における薬剤耐性遺伝子と可動遺伝因子(プラスミド、ウイルス、転移因子など動く遺伝子)を同定し追跡するために、世界中の大量輸送システムで微生物サンプルを収集してきました (Danko et al. International MetaSUB Consortium, 2021)。また、COVID-19パンデミックの発生前/中/後、マスギャザリング(ワールドカップ、オリンピック・パラリンピックを含む国際的なスポーツイベント)前/中/後に世界各地の都市環境から微生物サンプルを収集します (http://metasub.org/projects/)。バイオインフォマティクス・ツールを組み合わせることにより、微生物と薬剤耐性の世界地図を作成し、プラスミドやウイルスなど可動遺伝因子の宿主域と伝播経路を推定し、微生物のライフスタイルに関する洞察を得ることを目指します (Suzuki et al., 2017; Yano et al., 2018; Merino et al., 2019; Tokuda et al., 2020)。

References:
- 都市の微生物・薬剤耐性遺伝子の世界地図-世界60 都市で収集した約5,000 サンプルのメタゲノム解析-:[慶應義塾] https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2021/5/28/28-80215/
- Danko et al. International MetaSUB Consortium (2021) "GA global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance" doi: 10.1016/j.cell.2021.05.002.

- Tokuda et al. (2020) "Determination of Plasmid pSN1216-29 Host Range and the Similarity in Oligonucleotide Composition Between Plasmid and Host Chromosomes." doi: 10.3389/fmicb.2020.01187

- Merino et al. (2019) "Comparative genomics of Bacteria commonly identified in the built environment." doi: 10.1186/s12864-018-5389-z.

- Yano et al. (2018) "Reconsidering plasmid maintenance factors for computational plasmid design." doi: 10.1016/j.csbj.2018.12.001.

- Suzuki et al. (2017) "Comparative genomic analysis of Clostridium difficile ribotype 027 strains including the newly sequenced strain NCKUH-21 isolated from a patient in Taiwan" doi: 10.1186/s13099-017-0219-4.

- 都市の微生物、世界中で採集 綿棒使い、街の環境考える参考に:朝日新聞 2018年6月26日