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シラバス

科目名特別研究プロジェクトＢ （データベースを用いた）

授業概要

学部・研究科
総合政策・環境情報学部
登録番号
48974
科目ソート
A1202
科目名
特別研究プロジェクトＢ
分野
研究プロジェクト科目
単位
2単位
開講年度・学期
2022 秋学期
K-Number
研究会テーマ

データベースを用いた抗がん剤感受性を規定する遺伝子の探索

開講年度・学期
2022 秋学期
曜日・時限
授業教員名
冨田　勝
実施形態
オンライン（ライブ）
授業で使う言語
日本語
開講場所
その他
授業形態
※「授業形態」と「能動的学修形式」の対応についてはこちらをご覧ください。
講義, 演習, 遠隔あり
GIGAサティフィケート対象
非対象
研究会・来期の研究プロジェクトのテーマ予定

詳細

講義概要

CellMinerCDB, TCGA, depmap, bioportal, NLC mapper, NCBI, Human Protein Atlas, clincaltrials.govなどのがんデータベースの使い方を習得する。データ解析の結果を考察し、抗がん剤の作用機序や，DNA修復に関する知識を深める。
注釈）
CellMinerCDB： https://discover.nci.nih.gov/rsconnect/cellminercdb/
多数の細胞株と薬剤感受性、発現解析などの相関性をマイニングできるウェブサイト
TCGA (The Cancer Genome Atlas)： https://portal.gdc.cancer.gov
患者の主にがん組織の解析結果のデータベース。予後との相関もマイニングできる。
Depmap： https://depmap.org/portal/
多数の細胞株と薬剤感受性、発現解析などの相関性をマイニングできるウェブサイト。遺伝子をノックダウンまたはノックアウトしたときの細胞の致死性の評価もできる。
cBioportal： https://www.cbioportal.org
上記のデータベースを包括させたようなデータベース。とくに遺伝子変異情報取得するのに便利。
NLC mapper: https://nls-mapper.iab.keio.ac.jp/cgi-bin/NLS_Mapper_form.cgi
慶應IABのチームが作成した核移行シグナルの解析ツール。
NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov
ありとあらゆる種類の遺伝子情報がサーチできるウェブサイト
Human Protein Atlas: https://www.proteinatlas.org
ヒト組織を用いて、ほぼ全遺伝子について免疫染色を行った結果が閲覧できるサイト。予後解析もできる。
clincaltrials.gov: https://www.clinicaltrials.gov
臨床試験に関するデータベース。世界中の臨床試験を網羅している。