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Data platform laboratory
We will learn the following textbook in this class. Besides, each student can proceed one research topic.
M. van Steen and A.S. Tanenbaum, Distributed Systems, 3rd ed., distributed-systems.net, 2017.
研究会の時間では、次の本を輪読します。その他、場合によっては個別の学習指導あるいは研究指導を行います。
Gerhard Weikum and Gottfried Vossen. 2001. Transactional Information Systems: Theory, Algorithms, and the Practice of Concurrency Control and Recovery. Morgan Kaufmann Publishers Inc., San Francisco, CA, USA.
Data platform laboratory
We will learn the following textbook in this class. Besides, each student can proceed one research topic.
Database System Concepts, Seventh Edition, Avi Silberschatz, Henry F. Korth, S. Sudarshan, McGraw-Hill, ISBN 9780078022159
Data platform laboratory
We will learn the following textbook in this class. Besides, each student can proceed one research topic.
Database System Concepts, Seventh Edition, Avi Silberschatz, Henry F. Korth, S. Sudarshan, McGraw-Hill, ISBN 9780078022159
ソフトパワー研究（上級）
（注意）本研究会は私のもとで卒業制作を行う学生のみを対象にします。該当者は私宛にメールしてください。
ソフトパワー研究（基礎編）
＜文化＞は、現代の生活、政治経済、開発、外交あるいは国際関係において、確実にその重みを増していますが、社会分析や政策形成のフレームの中での扱いは、未だ心もとない状況にあります。本講義では、（広義の）政策の立案、施行、評価における＜文化＞の位置づけや意味づけに着目しながら、グローバル化時代における＜文化＞のありかたについて考察します。
２０２１年度は「ソフトパワー」をテーマにします。ソフトパワーとは何か。なぜ注目されているのか。ソフトパワーの危うさとは何か。ハードパワーとの線引きは可能か。どう効果測定し得るのか。今年度は特別企画として、日本語教育、日本研究・知的交流、文化事業、草の根支援などの分野で日本の国際文化交流を牽引する「国際交流基金（ジャパン・ファウンデーション）」と連携し、コロナ禍や社会的分断といった「危機のなかの国際文化交流」のあり方について、履修者の皆さんと次世代型モデルの構築を目指したいと思います。
多言語多文化共生社会と日本語
日本社会が言語的文化的多様性を受け入れる社会に向かうための、実践と研究を行う研究会です。文献を読んで議論を行い、実践・研究背景への理解を深めます。そして、グループプロジェクトを研究会内外で遂行します。また、実践・研究成果をまとめるために質的研究（フィールドワーク、インタビュー、社会に対する啓蒙的な成果発信）の方法論を学びます。
Intercultural Communication -A critical perspective
This seminar aims to explore and examine our intercultural communication from a critical perspective.
Culture is in fact influenced by economic and political issues which create unequal relations of power between peoples. Therefore, it is imperative that we understand the politics at work in an intercultural context and develop critical literacy. We will examine intercultural communication throughout reading and discussing a book or some articles. Students will also conduct a research/project on related topics to assigned literature or graduate thesis.
ヨーロッパ国際関係と国際安全保障
本研究会では、ヨーロッパ国際関係と国際安全保障を二本柱として研究を行う。履修者は個人研究などにおいてどちらに軸足をおいてもよいが、研究会全体としては、「欧州を通じて国際安全保障（および国際政治）の本質を学ぶ」ことと、「国際安全保障（および国際政治）を通じて欧州に迫る」ことの両方を同時に追求したい。
情報基礎２では、情報基礎１で学んだことをさらに進めて、自分である程度の大きさのプログラムを作ることを目標とします。
プログラムを作る時は、全く何もないところからすべて自分で作っていくということはほとんど無く、普通はライブラリという既製の部品を利用して作っていきます。ライブラリは作りたいものに合わせてたくさんの種類がありますが、今回はPyxelというレトロ2Dゲームを作るためのライブラリを利用します。
最初は、Pyxelを使って、情報基礎１の復習と情報基礎１では扱わなかったPythonの機能の勉強をします。その後、自分でオリジナルのゲームを作っていきます。
微⽣物ゲノム学（先端⽣命科学）／環境バイオインフォマティクス（先端⽣命科学）
「先端生命科学系列」の8つの研究会（冨田・内藤・黒田・金井・曽我・荒川・鈴木・辻本）は、合同で運営しています。また大学院のプロジェクト科目（先端生命科学）とも合同に運営しているため、学部生、大学院生そして教員が一緒になって研究を進めます。先端生命科学系列研究会の新規履修者は全員まず「研究会Ｂ(1) 冨田 勝」を履修してください。詳しい内容は研究会ホームページをご覧ください。https://bio.sfc.keio.ac.jp/
微生物は、様々な環境（ヒトの体、自然環境、人工環境など）で重要な役割を果たしている一方、様々な感染症の原因として人類の健康を脅かしている存在です。本研究会では、バイオインフォマティクスとゲノム解析により、環境微生物の多様性を理解し、その医学・農学・工学分野への有効活用を目指しています。
私たちは、再現可能なバイオインフォマティクス、ゲノム微生物学、および都市のマイクロバイオーム（微生物群集とその遺伝子の総体）に関する研究を進めています。このまま何の対策もとらなければ、2050年には薬剤耐性菌による感染症は全世界で年間1000万人の死亡者を出すとも予測されています。プラスミドは、薬剤耐性遺伝子を持ち、微生物間で水平移動することで、微生物群集における薬剤耐性の拡散に寄与しています。都市の人工環境における薬剤耐性遺伝子と可動遺伝因子（プラスミド、ウイルス、転移因子など動く遺伝子）を同定し追跡するために、世界中の大量輸送システムで微生物サンプルを収集してきました (Danko et al. International MetaSUB Consortium, 2021)。また、COVID-19パンデミックの発生前/中/後、マスギャザリング（ワールドカップ、オリンピック・パラリンピックを含む国際的なスポーツイベント）前/中/後に世界各地の都市環境から微生物サンプルを収集します (http://metasub.org/projects/)。バイオインフォマティクス・ツールを組み合わせることにより、微生物と薬剤耐性の世界地図を作成し、プラスミドやウイルスなど可動遺伝因子の宿主域と伝播経路を推定し、微生物のライフスタイルに関する洞察を得ることを目指します (Suzuki et al., 2017; Yano et al., 2018; Merino et al., 2019; Tokuda et al., 2020)。
References:
- 都市の微生物・薬剤耐性遺伝子の世界地図－世界60 都市で収集した約5,000 サンプルのメタゲノム解析－：[慶應義塾] https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2021/5/28/28-80215/
- Danko et al. International MetaSUB Consortium (2021) "GA global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance" doi: 10.1016/j.cell.2021.05.002.
- Tokuda et al. (2020) "Determination of Plasmid pSN1216-29 Host Range and the Similarity in Oligonucleotide Composition Between Plasmid and Host Chromosomes." doi: 10.3389/fmicb.2020.01187
- Merino et al. (2019) "Comparative genomics of Bacteria commonly identified in the built environment." doi: 10.1186/s12864-018-5389-z.
- Yano et al. (2018) "Reconsidering plasmid maintenance factors for computational plasmid design." doi: 10.1016/j.csbj.2018.12.001.
- Suzuki et al. (2017) "Comparative genomic analysis of Clostridium difficile ribotype 027 strains including the newly sequenced strain NCKUH-21 isolated from a patient in Taiwan" doi: 10.1186/s13099-017-0219-4.
- 都市の微生物、世界中で採集 綿棒使い、街の環境考える参考に：朝日新聞 2018年6月26日
“Advanced Biosciences” seminars (Tomita, Naito, Kuroda, Kanai, Soga, Arakawa, Suzuki and Tsujimoto) are operated along with “Systems Biology Project” for graduate students. All members, including faculty members, graduate students, and undergraduate students are involved to research projects.
At the first semester when you join the "Advanced Biosciences" seminars (Kenkyukai), you should take "SEMINAR B (1) Masaru Tomita."
Please check our website for more details. https://bio.sfc.keio.ac.jp/
While microorganisms have important roles in various environments (e.g. human body, natural and built environments), they can cause many infectious diseases, which are threats to public health. In this research group, we use bioinformatics and genomics to understand microbial diversity and its medicinal, agricultural and industrial applications.
Our research focuses on reproducible bioinformatics, genome microbiology, and urban microbiomes. It has been estimated that, by 2050, 10 million people will die every year due to antimicrobial resistance (AMR) if no action is taken. Plasmids often carry multiple AMR genes and can be horizontally transferred between microbes, contributing to the spread of AMR in microbial communities. To identify and track antimicrobial resistance genes (resistomes) and mobile genetic elements (e.g., viruses, plasmids, and transposable elements) in urban built environments, we have been collecting samples in mass-transit systems around the globe (Danko et al. International MetaSUB Consortium, 2021) and will sample urban environments around the globe before, during and after the COVID-19 pandemic and the mass gathering such as international sport events including the World Cup and Olympic & Paralympic Games (http://metasub.org/projects/). We are using a combination of bioinformatics tools for creating global maps of microbiomes and resistomes, inferring host range and transmission routes of mobile genetic elements (e.g., viruses and plasmids), and gaining insight into microbial lifestyles (Suzuki et al., 2017; Yano et al., 2018; Merino et al., 2019; Tokuda et al., 2020).
微⽣物ゲノム学（先端⽣命科学）／環境バイオインフォマティクス（先端⽣命科学）
「先端生命科学系列」の8つの研究会（冨田・内藤・黒田・金井・曽我・荒川・鈴木・辻本）は、合同で運営しています。また大学院のプロジェクト科目（先端生命科学）とも合同に運営しているため、学部生、大学院生そして教員が一緒になって研究を進めます。先端生命科学系列研究会の新規履修者は全員まず「研究会Ｂ(1) 冨田 勝」を履修してください。詳しい内容は研究会ホームページをご覧ください。https://bio.sfc.keio.ac.jp/
微生物は、様々な環境（ヒトの体、自然環境、人工環境など）で重要な役割を果たしている一方、様々な感染症の原因として人類の健康を脅かしている存在です。本研究会では、バイオインフォマティクスとゲノム解析により、環境微生物の多様性を理解し、その医学・農学・工学分野への有効活用を目指しています。
私たちは、再現可能なバイオインフォマティクス、ゲノム微生物学、および都市のマイクロバイオーム（微生物群集とその遺伝子の総体）に関する研究を進めています。このまま何の対策もとらなければ、2050年には薬剤耐性菌による感染症は全世界で年間1000万人の死亡者を出すとも予測されています。プラスミドは、薬剤耐性遺伝子を持ち、微生物間で水平移動することで、微生物群集における薬剤耐性の拡散に寄与しています。都市の人工環境における薬剤耐性遺伝子と可動遺伝因子（プラスミド、ウイルス、転移因子など動く遺伝子）を同定し追跡するために、世界中の大量輸送システムで微生物サンプルを収集してきました (Danko et al. International MetaSUB Consortium, 2021)。また、COVID-19パンデミックの発生前/中/後、マスギャザリング（ワールドカップ、オリンピック・パラリンピックを含む国際的なスポーツイベント）前/中/後に世界各地の都市環境から微生物サンプルを収集します (http://metasub.org/projects/)。バイオインフォマティクス・ツールを組み合わせることにより、微生物と薬剤耐性の世界地図を作成し、プラスミドやウイルスなど可動遺伝因子の宿主域と伝播経路を推定し、微生物のライフスタイルに関する洞察を得ることを目指します (Suzuki et al., 2017; Yano et al., 2018; Merino et al., 2019; Tokuda et al., 2020)。
References:
- 都市の微生物・薬剤耐性遺伝子の世界地図－世界60 都市で収集した約5,000 サンプルのメタゲノム解析－：[慶應義塾] https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2021/5/28/28-80215/
- Danko et al. International MetaSUB Consortium (2021) "GA global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance" doi: 10.1016/j.cell.2021.05.002.
- Tokuda et al. (2020) "Determination of Plasmid pSN1216-29 Host Range and the Similarity in Oligonucleotide Composition Between Plasmid and Host Chromosomes." doi: 10.3389/fmicb.2020.01187
- Merino et al. (2019) "Comparative genomics of Bacteria commonly identified in the built environment." doi: 10.1186/s12864-018-5389-z.
- Yano et al. (2018) "Reconsidering plasmid maintenance factors for computational plasmid design." doi: 10.1016/j.csbj.2018.12.001.
- Suzuki et al. (2017) "Comparative genomic analysis of Clostridium difficile ribotype 027 strains including the newly sequenced strain NCKUH-21 isolated from a patient in Taiwan" doi: 10.1186/s13099-017-0219-4.
- 都市の微生物、世界中で採集 綿棒使い、街の環境考える参考に：朝日新聞 2018年6月26日
微⽣物ゲノム学（先端⽣命科学）／環境バイオインフォマティクス（先端⽣命科学）
「先端生命科学系列」の8つの研究会（冨田・内藤・黒田・金井・曽我・荒川・鈴木・辻本）は、合同で運営しています。また大学院のプロジェクト科目（先端生命科学）とも合同に運営しているため、学部生、大学院生そして教員が一緒になって研究を進めます。先端生命科学系列研究会の新規履修者は全員まず「研究会Ｂ(1) 冨田 勝」を履修してください。詳しい内容は研究会ホームページをご覧ください。https://bio.sfc.keio.ac.jp/
微生物は、様々な環境（ヒトの体、自然環境、人工環境など）で重要な役割を果たしている一方、様々な感染症の原因として人類の健康を脅かしている存在です。本研究会では、バイオインフォマティクスとゲノム解析により、環境微生物の多様性を理解し、その医学・農学・工学分野への有効活用を目指しています。
私たちは、再現可能なバイオインフォマティクス、ゲノム微生物学、および都市のマイクロバイオーム（微生物群集とその遺伝子の総体）に関する研究を進めています。このまま何の対策もとらなければ、2050年には薬剤耐性菌による感染症は全世界で年間1000万人の死亡者を出すとも予測されています。プラスミドは、薬剤耐性遺伝子を持ち、微生物間で水平移動することで、微生物群集における薬剤耐性の拡散に寄与しています。都市の人工環境における薬剤耐性遺伝子と可動遺伝因子（プラスミド、ウイルス、転移因子など動く遺伝子）を同定し追跡するために、世界中の大量輸送システムで微生物サンプルを収集してきました (Danko et al., 2020)。また、COVID-19パンデミックの発生前/中/後、マスギャザリング（ワールドカップ、オリンピック・パラリンピックを含む国際的なスポーツイベント）前/中/後に世界各地の都市環境から微生物サンプルを収集します (http://metasub.org/projects/)。バイオインフォマティクス・ツールを組み合わせることにより、微生物と薬剤耐性の世界地図を作成し、プラスミドやウイルスなど可動遺伝因子の宿主域と伝播経路を推定し、微生物のライフスタイルに関する洞察を得ることを目指します (Yano et al., 2018; Merino et al., 2019; Tokuda et al., 2020)。
微⽣物ゲノム学（先端⽣命科学）／環境バイオインフォマティクス（先端⽣命科学）
「先端生命科学系列」の8つの研究会（冨田・内藤・黒田・金井・曽我・荒川・鈴木・辻本）は、合同で運営しています。また大学院のプロジェクト科目（先端生命科学）とも合同に運営しているため、学部生、大学院生そして教員が一緒になって研究を進めます。先端生命科学系列研究会の新規履修者は全員まず「研究会Ｂ(1) 冨田 勝」を履修してください。詳しい内容は研究会ホームページをご覧ください。https://bio.sfc.keio.ac.jp/
微生物は、様々な環境（ヒトの体、自然環境、人工環境など）で重要な役割を果たしている一方、様々な感染症の原因として人類の健康を脅かしている存在です。本研究会では、バイオインフォマティクスとゲノム解析により、環境微生物の多様性を理解し、その医学・農学・工学分野への有効活用を目指しています。
私たちは、再現可能なバイオインフォマティクス、ゲノム微生物学、および都市のマイクロバイオーム（微生物群集とその遺伝子の総体）に関する研究を進めています。このまま何の対策もとらなければ、2050年には薬剤耐性菌による感染症は全世界で年間1000万人の死亡者を出すとも予測されています。プラスミドは、薬剤耐性遺伝子を持ち、微生物間で水平移動することで、微生物群集における薬剤耐性の拡散に寄与しています。都市の人工環境における薬剤耐性遺伝子と可動遺伝因子（プラスミド、ウイルス、転移因子など動く遺伝子）を同定し追跡するために、世界中の大量輸送システムで微生物サンプルを収集してきました (Danko et al., 2020)。また、COVID-19パンデミックの発生前/中/後、マスギャザリング（ワールドカップ、オリンピック・パラリンピックを含む国際的なスポーツイベント）前/中/後に世界各地の都市環境から微生物サンプルを収集します (http://metasub.org/projects/)。バイオインフォマティクス・ツールを組み合わせることにより、微生物と薬剤耐性の世界地図を作成し、プラスミドやウイルスなど可動遺伝因子の宿主域と伝播経路を推定し、微生物のライフスタイルに関する洞察を得ることを目指します (Yano et al., 2018; Merino et al., 2019; Tokuda et al., 2020)。
Listening Workshop II
In this class you will listen to a variety of materials (podcasts, music, stories, news, etc.) and answer simple questions about them. You will work at your own pace. There will also be optional interviews with the teacher for added speaking practice. Although this class has a live part, it can also be taken on-demand.
本授業では特に触り心地・触感に焦点を当てる。私たちは生活の中で常に何かに触れているが、そのこと自体について注意を払うことは稀である。しかしながら、近年の身体性認知科学研究の成果により、日常生活の中での触れるという行動が私たちの意思決定を左右しうることが指摘されるようになってきた。私たちの生活を触れるという視点から眺めてみると、価値創造の方法の新しい視座が得られることが期待できる。本授業では、そのような視点から触感に関わる企業活動を取り上げ、業態の解析と提供している価値を触感の視点から再整理する。
セキュリティについて学ぶためには、インターネットとそれに関連するシステムの基礎、暗号等を理解するための数学の基礎、インターネットに関わる法制度/社会制度について学ばなければならない。本講義では、セキュリティの基礎を学ぶとともに、これらシステム、数学、制度の基礎を学び、セキュリティの全体像について理解する。
なお本授業では受講者選抜を実施するが、BasicSecCapコース参加者は選抜課題の提出は不要。